A seguito dell’entrata in vigore del decreto-legge n. 16 del 2 marzo 2012 (art. 8 comma 23) pubblicato sulla G.U. n. 52 del 2 marzo 2012, l’Agenzia per il terzo settore (ex Agenzia per le Onlus) è stata soppressa e le sue funzioni trasferite al Ministero del Lavoro e delle Politiche sociali.

Istituita con DPCM del 26 settembre 2000 – in osservanza delle disposizioni contenute nell’art. 3, commi 190/193 della legge 23 dicembre 1996 – e regolamentata dal DPCM n.329/2001 e successive modifiche, l’Agenzia è stata operativa dal 7 marzo 2002 al 2 marzo 2012. L’Agenzia ha avuto sede a Milano, in via Rovello 6.
Ente di diritto pubblico di emanazione governativa vigilato dalla Presidenza del Consiglio dei Ministri, l’Agenzia ha operato per garantire la corretta osservanza delle disposizioni legislative in materia di terzo settore. Le sue funzioni sono state di vigilanza, promozione, indirizzo e controllo sugli enti non profit, con i quali si intende l’insieme delle organizzazioni non aventi finalità di lucro (onlus, enti non commerciali, organizzazioni di volontariato, associazioni di promozione sociale, imprese sociali, etc.).
Nel corso della decade si sono succedute due consigliature (1^ consigliatura 2001-2006, con Presidente il Prof. Lorenzo Ornaghi; 2^ consigliatura 2007-2011, con Presidente il Prof. Stefano Zamagni).

Nel corso del secondo mandato l’Agenzia ha realizzato un sito tematico dedicato a promuovere il progetto strategico “Il sostegno a distanza in chiaro” ( www.ilsostegnoadistanza.it), ha istituito l’Osservatorio SaD, ha prodotto numerosi documenti cosiddetti di soft law finalizzati a fornire regole di trasparenza e indicazioni di condotta per innalzare gli standard operativi delle organizzazioni non profit e valorizzare ulteriormente il ruolo che esse svolgono nell’ambito della società civile (Linee guida per il bilancio di esercizio; Linee guida per il bilancio sociale; Linee guida per la raccolta dei fondi; Linee guida per la raccolta dei fondi nei casi di emergenza umanitaria; Linee guida per il sostegno a distanza di minori e giovani; Linee guida per la gestione dei registri del volontariato; Linee guida per la partecipazione del terzo settore alla determinazione delle politiche pubbliche locali).

Dal 2008 al 2011 l’Agenzia ha realizzato dodici numeri della rivista quadrimestrale a carattere scientifico-culturale Areté; nel corso del 2011 ha pubblicato, tramite la casa editrice Il Mulino, la seconda edizione del Libro bianco sul terzo settore e il volume Il terzo settore nell’Italia unita, quale contributo – quest’ultimo - alle celebrazioni dei 150 anni dell’Unità d’Italia.